متن پیام حجتالاسلام سید محمد خاتمی به شرح زیر است:
بسم الله الرحمن الرحیم
روح مطهر مرجع عظیم الشأن و فقید بزرگوار و معلم اخلاق و ادب و فضیلت حضرت آیت الله العظمی حاج آقا موسوی شبیری زنجانی به ملکوت اعلی پیوست و همه اصحاب فضل و فضیلت و بخصوص حوزه های علمیه را داغدار کرد. من این مصیبت بزرگ را به حضرت ولی الله الاعظم امام مهدی (ع) و به همه عالمان ربانی و فاضلان خیراندیش و به انبوه ارادتمندان و شاگردان آن بزرگ بخصوص به خاندان شریف شبیری و بالاخص به آقازادگان دانشمند و روشن بین ایشان و همه بستگان داغدار تسلیت می گویم و از پیشگاه حضرت حق می خواهم که پاداش پاکی و نیکی و خدمتگزاری آن بزرگوار به آئین و ایران و به معارف اهل بیت علیهم السلام را با علو درجات ایشان عنایت فرماید و خسارت سنگین فقدان ایشان برای اسلام و تشیع و حوزه های علمیه را با لطف ویژه خود جبران فرماید.
پاک زیست و پاک بدیدار معبود شتافت
یادش گرامی و راهش پر رهرو باد!
سید محمد خاتمی
1405/6/30
